Su nombre viene de las voces mexicanas “zacatl” que significa zacate o hierba y “apan” que quiere decir “en el río”, por lo que su nombre significa “sobre el río de hierba”.

Este departamento formó parte del departamento de Chiquimula. Estos dos departamentos se dividieron por decreto del 10 d noviembre de 1871.

Zacapa cuenta con una gran riqueza paleontológica, contando incluso con un museo en Estanzuela.Se habla, además del español, chortí.